Die Grundlage zu einer effektiven Arbeit der AEM wird durch ihre Mitglieder geschaffen. Wichtigstes Organ ist die Mitgliederversammlung, die satzungsgemäß einmal im Jahr im stattfindet.

Die Mitgliederversammlung wählt für die Dauer von zwei Jahren den Vorstand, der aus sieben Personen besteht (Präsident, Vizepräsident, Schatzmeister, Schriftführer und drei Beisitzer).

Der Vorstand wird in seiner Arbeit durch die Geschäftsstelle unterstützt. Diese ist zugleich wissenschaftliches An-Institut der Georg-August-Universität Göttingen. Ihre Arbeit wird durch das Land Niedersachsen und die Universitätsmedizin Göttingen gefördert.

Zur Bearbeitung konkreter Themen werden auf Anregung der Mitgliederversammlung Arbeitsgruppen eingerichtet. Diese bestehen aus Mitgliedern der AEM; sie können jedoch auch andere Fachleute zur Mitarbeit einladen.